モジュールを使って学ぶ

提供: StatGenetKyotoU
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  • モジュールトップ
  • 目標と構成
    • 医学生物学のトピックと数学のトピックとの組み合わせたものをモジュールと呼ぶことにします
    • モジュールを用いて、両者の理解を深めます
    • 数式表現や抽象的な表現で理解することも大事ですが、それをRのソースで表すこと、書かれたソースを理解することを通じて、より具体性を持って理解することを目指します
    • モジュールでは、直接・間接に関係する用語・概念を説明した記事へのリンクが張ってあります
    • なぜ、それらの用語や概念へのリンクがはってあるのかがモジュールの本体記事に記載してあります。この部分の記載は、用語・概念同士の結びつきの動機を説明していることが多いので、注意深く読んでください
    • 記事は、モジュールに特化したものもありますが、複数のモジュールからリンクが張られています。さまざまな概念や手法がいろいろなところに登場するからです。余裕があれば、記事にリンクを張ってあるモジュールを関連事項として使用したり、関連事項のモジュールで取り扱われている用語や概念について知識を増やすと、有機的な理解につながると思います
モジュール・メニュー
状態 名称 医学生物学トピック 数学トピック R関数・Rスキル
使ってください版 モジュールを使い始める・作り始める前に~Rを覚える~ データの扱い 統計・確率の基礎 Rの基礎
開発中 統計学の基礎事項を押える 医療統計、医学生物学実験データ解析 統計・確率の基礎 Rの基礎
開発中 数学の基礎事項を押える 生物学に関しては例を挙げる程度 線形代数と微積分の初歩の次の段階。「使うための数学」 Rとは違うけれど、数学表記のためのTeXの基礎
使ってください版 md_生殖とグラフ 系統樹・家系図 グラフ理論 igraph,kinship,ape
使ってください版 md_染色体と記述統計 染色体 統計学 quantile(),min(),max(),range(),mean(),median(),hist(),boxplot(),var()
使ってください版 md_一般化する 遺伝形式 モーメント、ガンマ関数、曲面、極座標、正単体の頂点座標、一般化平均、一般正規分布
使ってください版 md_根を求める・近似曲線を引く データの読み取り、用量反応曲線 最適化、最尤法、最小二乗法 uniroot(),optim(),glm()
使ってください版 md_家系ジェノタイプデータをシミュレーション作成する 家系ジェノタイプデータをシミュレーション作成する
未着手 md_ハプロタイプ頻度の最尤推定 ハプロタイプ 最尤法 微分積分学 while() ループ
使ってください版 md_HWEの正確確率検定 Hardy-Weinberg 平衡 正確確率検定 場合の数 lgamma(),factorial()
使ってください版 md_カテゴリカルデータと正単体 データ型 SNP ハプロタイプ 点突然変異 交叉・組み換え 遺伝的浮動 IBD 正単体 置換群・順列 多次元座標 極座標 plot(),rglパッケージ plot3d() %*%
使ってください版 md_ばらばらに起きること 不可逆変化・死亡率 ベルヌーイ過程、二項分布、正規分布、ポアッソン過程、ポアッソン分布、指数分布、ガンマ分布、極値分布 rxxxx()
使ってください版 md_鑑別診断と尤度 感度・特異度・PPV・NPV、ROCカーブ、鑑別診断、判断分岐、個人鑑定 確率・尤度・事前確率・事後確率 density(),ecdf(),approxfun(),ROCRパッケージ
未着手 md_配列の評価とアルゴリズム 塩基配列・アミノ酸配列 比較、n進数
未着手 md_集団構造化と主成分分析 集団構造化 遺伝的多様性 主成分分析 分散 eigen()
未着手 md_ライフゲーム 変化しながら永続する 格子モデル
未着手 md_変なアトラクタ 安定した状態 非線形 トポロジー
未着手 md_メンデルの遺伝法則と集合 メンデルの遺伝法則 集合 package "sets"
未着手 md_系統樹とクラスタリング 系統樹、グループ分け 階層的クラスタリング 距離 nj(),hclust(),dist()
未着手 md_全部を計算するのは簡単 DNA鑑定 尤度 線形代数 ※ パーマネント
未着手 md_周期的安定 反応サイクル 化学量論 時系列解析 尤度 線形代数 トポロジー 状態推移行列
未着手 md_分布がわからないとき マルチプルテスティング リサンプリング パーミュテーション
開発中 md_海洋生物の形態形成と双曲幾何 形態形成 非ユークリッド幾何 双曲幾何
開発中 md_木の形態形成とL-システム 形態形成 グラフ フラクタル
未着手 md_糸結びとトポロジー 結紮 位相幾何学
未着手 md_乱流・非線形偏微分方程式 血流・気流などの流体 微分方程式・非線形
未着手 md_確率密度関数・累積分布関数・ハザード関数・累積ハザード関数 時系列解析 確率変数
未着手 md_ブラウン運動とレヴィ飛行 ランダムな動きとそのバリエーション ランダムウォーク 乱数
未着手 md_相互作用してパターンができたり複雑な時間変化をしたり ロトカ-ヴォルテラ 偏微分方程式
未着手 md_曲線について 形態、変化 曲線
未着手 md_頑健性 発生・リスクマネジメント ワイブル分布